تركيز الدكتور الشنقيطي انصب على الموجة الإلحادية الجديدة التي تتسم بميزات لم تكن في سابقتها القديمة، فهي نزعة تبشيرية فيها دعوة للناس إلى الإلحاد من ناشطين وتيارات فكرية تجاوزت نموذج الإنكار والغرق التأملي الخامل إلى الحركة والتبشير بالنزعة…
"- آه البوهالي.. أنت سيدي تجلس هنا أول مرة على ما يبدو.. عبارة البوهالي مثل اللقاح، يجب أن تسمعها أول مرة ثم تألفها.. في الحقيقة هو يقصد أنه إذا لم يكن لديك ما تعطي المتسولين فما جلوسك في الخارج؟ ادْخُوولْ دَاااخْلْ.."
تناول المؤتمر ظاهرة الإلحاد وما يبثه من أفكار هدامة وظاهرة انتشار الحركات الباطنية الجديدة والتي بدأت تتوغل بشكل خفي في المجتمعات الإسلامية وتترك آثارا خطيرة على السلوك والقيم والمعتقدات.